Slovanští apoštolové sv. Cyril a Metoděj se rozhodli opravdově prodchnout lid duchem evangelia a zřídit na území středoevropských Slovanů svébytný církevní útvar. Za svůj prvořadý úkol považovali učinit Bibli a svatou liturgii lidem srozumitelnou. V souvislosti s tím se stali nejen misionáři, ale i zakladateli slovanského písemnictví a vůbec kultury.

Pád moravské církve v roce 885 nebyl prohrou. Zaseté semeno přineslo hojné plody. Vyhnaní žáci svatých bratří v čele s nástupcem sv. Metoděje sv. biskupem Gorazdem pokračovali v misii u jiných slovanských národů. Ryze křesťanský a ekumenický odkaz byzantské misie však zůstal natrvalo zapsán i v povědomí křesťanů v Čechách a na Moravě přesto, že se v důsledku politických změn dostali do sféry působnosti latinské církve.

Po tolerančním patentu z roku 1780 žila pravoslavná církev v habsburské monarchii jako církev „TRPĚNÁ“ pod názvem „řecká nesjednocená“. Skupiny Čechů k ní hledaly cestu a navazovaly styky s ruskou, cařihradskou a srbskou církví. Z intelektuálních představitelů národa našli cestu do lůna církve zejména Rieger, Grégr, Sladkovský a dr. Brauner.

Od 70. let předminulého století se formovala kolem centra v Praze Česká pravoslavná obec, která se nakonec ustavila pod vedením arcibiskupa Savatije (Brabce) jako autonomní česká církev v mezích ekumenického patriarchátu.

Východní Slovensko bylo osídleno smíšeným obyvatelstvem, v němž vedle Slováků žila národnostní skupinazakarpatských Ukrajinců. V této sféře se již zanedlouho po pokřesťanštění Kyjevské Rusi zformovaly pravoslavné obce. Ty přetrvaly až do 17. století, kdy spadaly do působnosti mukačevské eparchie. Tehdy se tam pod vlivem uherské státní moci projevily rekatolizační snahy, podobné protireformačnímu nátlaku v Čechách a na Moravě. Pod tímto vlivem část duchovenstva mukačevské eparchie vstoupila do unie s římskokatolickou církví a do liturgie a věrouky se začaly zavádět změny. Pravoslaví zůstaly za velice ztížených podmínek věrny jen malé skupiny. Širší pole působnosti jim poskytl až vznik Československé republiky.

V českých zemích po vzniku samostatného státu navzdory počátečním sympatiím reformního hnutí k pravoslaví mohl nakonec přijmout v Bělehradě biskupské svěcení pouze kněz Matěj Pavlík, jenž před svěcením přijal jméno Gorazd. Hnutí se rozdělilo. Většinová skupina vedená dr. Karlem Farským utvořila dnešní Církev československou husitskou a církevní obce věrné biskupu Gorazdovi byly nuceny se připojit k existující České náboženské obci pravoslavné. Ač i její arcibiskup Savatij vycházel z domácích předpokladů, nebyly metody jeho misijní práce dost průbojné a přijatelné v našem prostředí. Biskup Gorazd naproti tomu hledal liturgicky i jinak svébytnou formu církevního života vhodnou pro zdejší prostředí. Rozdíl v koncepci obou vůdčích představitelů českého pravoslaví byl ještě komplikován jurisdikčním sporem.

Od počátku českého pravoslaví v 19. století spadaly skupiny zdejších pravoslavných pod jurisdikci tzv. „rakouské církve“ s centrem v Srbsku, již ekumenický patriarchát uznával za autokefální a příslušnou pro celé tehdejší rakouské území. Tuto právoplatnou srbskou jurisdikci nakonec uznala celá sjednocená skupina. Biskup Gorazd posléze zvolený do jejího čela přijal pro českou eparchii východní bohoslužebný řád, přičemž ale bohoslužby přeložil do novodobé literární češtiny.

Za II. světové války podpořili představitelé pravoslavné církve hnutí národního odporu. Biskup Gorazd poskytl v roce 1942 v kryptě katedrálního chrámu sv. Cyrila a Metoděje v Resslově ulici v Praze úkryt vykonavatelům atentátu na říšského protektora. Biskup Gorazd a jeho nejbližší spolupracovníci byli popraveni nacisty a církev byla postavena mimo zákon.

Představitelé všech roztříštěných pravoslavných skupin našli po válce cestu k sobě, a protože srbská církev měla potíže s vlastní obnovou, obrátili se na Ruskou pravoslavnou církev se žádostí o přijetí do jejího svazku. Tak se sjednocená Pravoslavná církev v Československu ustavila roku 1946 dočasně jako autonomní exarchát Ruské pravoslavné církve. V roce 1951 poskytla Ruská pravoslavná církev Pravoslavné církvi v Československu autokefalitu, tj. naprostou samostatnost, a tak jí umožnila ustavit se jako rovnoprávná partnerka všech ostatních místních pravoslavných církví.

Zásadní změny v církevní organizační struktuře přineslo sněmovní usnesení z prosince roku 1992 o změně názvu na„Pravoslavná církev v českých zemích a na Slovensku“.

Takto církevněprávně znovu ustavená Pravoslavná církev v českých zemích a na Slovensku, jejímž kanonickým teritoriem jsou státní hranice České republiky a Slovenské republiky, získala v pravoslavném světě velkou autoritu. Tuto skutečnost potvrdilo vydání zvláštního Tomosu (dekretu) o autokefalitě Pravoslavné církve v českých zemích a na Slovensku konstantinopolským – ekumenickým patriarchátem v roce 1998. Tomos byl slavnostně vyhlášen v listopadu téhož roku v katedrále sv. Cyrila a Metoděje v Praze.

Teologické vzdělání poskytuje církev na Pravoslavné bohoslovecké fakultě v Prešově, dnes v rámci působení Prešovské univerzity. Fakultní teologické středisko pro bohoslovce dálkového studia z českých zemí bylo otevřeno v Olomouci roku 1990 ale v roce 2011 bylo uzavřeno, přestože mělo mnoho studentů.

Církevní práce se prolíná s prací misijní a dobročinnou a v dnešní době mnoho farností vykonává ve své působnosti charitativní a osvětovou činnost.